Что за бред?!!! Нету такой причины и быть не может. Если учебное заведение имеет соответствующую лицензию МинОбразования, в частности на момент Вашей учебы, то оно полноправный ВУЗ, и его диплом соответствует держстандарту.
Сам заканчивал недержВУЗ и уже 10 на госслужбе. Ни разу ни у кого не возникало вопросов по учебному заведению.